科室设置（共36个）
1、行政管理科室（12个）：
办公室、党群办、工会（老干部科）、人事科、财务科、审计科、基建办、宣传科、总务保障科、应急和安全生产科、综合业务管理科（法制审验科）、信息中心
2、疾病控制业务科室（14个）：
免疫规划管理科、传染病防制科、艾滋病防制科、结核病防制科、皮肤病防制科、慢病防制科（地方病防制科）、消毒与病媒控制科、健康教育科、食品与环境卫生科、职业健康科、学校卫生科、质量管理科、检验科、综合门诊部
3、卫生监督业务科室（10个）
医疗和传染病监督一科、医疗和传染病监督二科、医疗和传染病监督三科、医疗和传染病监督四科、公共卫生监督一科、公共卫生监督二科、公共卫生监督三科、公共卫生监督四科、职业卫生监督一科、职业卫生监督二科
