科室设置（共33个）
1、行政管理科室（8个）：
办公室、党群工作科（离退休干部管理办公室）、人事科、财务与审计科、总务药械科、宣传科、业务管理科（应急管理办公室）、法制稽查科
2、疾病控制业务科室（13个）：
免疫预防管理科、传染病防制科、艾滋病防制科、结核病防制科、皮肤病防制科、慢性非传染性疾病防制科（地方病防制科）、病媒生物防制与消毒科、食品营养与环境卫生监测科、职业健康科、学校卫生科、健康教育科、综合门诊部（健康体检中心）、检验科
3、卫生监督业务科室（12个）
医疗与传染病监督一科、医疗与传染病监督二科、医疗与传染病监督三科、医疗与传染病监督四科、公共卫生监督一科、公共卫生监督二科、公共卫生监督三科、公共卫生监督四科、职业卫生监督一科、职业卫生监督二科、职业卫生监督三科、职业卫生监督四科
